Metodu čištění PCB je třeba vhodně zvolit na základě typu kontaminace a scénáře použití; jeden-velikost-se hodí-všem není možný. Pro běžné čištění po výrobě nebo opravě je nejběžnější metodou otření bezvodým alkoholem nebo specializovanými čističi elektroniky. Tato rozpouštědla se rychle odpařují a zanechávají malé zbytky, takže jsou vhodná pro odstraňování zbytků tavidla, lehkých olejových skvrn a prachu. Během provozu se obvykle používá hadřík, který nepouští vlákna, nebo měkký kartáček k jemnému otření ve směru vedení obvodu, aby se zabránilo nadměrné síle, která by mohla uvolnit součásti nebo poškodit pájené spoje. Pro oblasti se silnou lokalizovanou kontaminací lze použít metodu čištění z bodu do bodu, která řeší problém postupně, místo aby opakovaně utírala velké plochy.
Pokud jsou na desce plošných spojů odolné nečistoty, jako jsou usazeniny kalafuny, průmyslové olejové skvrny nebo zbytky vzniklé-dlouhodobou oxidací, lze zvážit čištění ultrazvukem. Tato metoda zahrnuje ponoření desky plošných spojů do specializovaného čisticího roztoku, kde kavitační efekt generovaný vysokofrekvenčními vibracemi uvolňuje nečistoty z malých štěrbin, což vede k důkladnějšímu čištění než ruční metody. Je však zásadní kontrolovat dobu čištění a složení kapaliny, aby nedošlo k poškození citlivých součástí (jako jsou konektory, relé a mikrofony). Po vyčištění je nezbytné důkladné vysušení; jinak může zbytková vlhkost způsobit zkrat nebo korozi.
